El puerto de Naxos ha sido un punto de anclaje para el comercio marítimo desde la Edad del Bronce, cuando los navegantes cicládicos transportaban obsidiana y esmeril a través del Egeo en barcas de madera.
Hoy en día, el puerto en forma de herradura en Chora alberga modernas embarcaciones de vela y caiques tradicionales, cuyas salidas están sincronizadas con los vientos meltemi que barren el sureste a través de aguas abiertas cada mañana de verano. La costa que se despliega más allá del puerto —una cadena de treinta kilómetros de cuevas marinas, acantilados volcánicos e islotes deshabitados— permanece en gran parte inaccesible por carretera, preservando tramos de las Cícladas que apenas han cambiado desde que Ariadna vio a Teseo navegar hacia Creta.
Los tours en barco por Naxos operan desde un conjunto de muelles en el extremo norte del puerto, donde los operadores embarcan a los pasajeros entre las ocho y las nueve y media de cada mañana. La mayoría de las salidas siguen una de estas dos rutas: hacia el noroeste, en dirección a las Pequeñas Cícladas (Iraklia, Schinoussa, Koufonisia), donde los pueblos pesqueros se aferran a las laderas sobre fondeaderos que han refugiado flotas durante tres milenios; o hacia el sur, a lo largo de la propia costa de Naxos, hasta la cueva de Rina, una cámara excavada por el mar accesible solo durante la marea baja cuando el oleaje permite la entrada. Ambos itinerarios incluyen paradas para nadar en bahías donde el lecho marino cae desde arena clara hasta un azul cobalto en la distancia de un barco, y donde la claridad del agua permite una visibilidad de hasta quince metros en días tranquilos.
Las embarcaciones varían desde catamaranes de doce metros que transportan a treinta pasajeros hasta kaikis de madera más pequeños que acomodan grupos de ocho. El servicio a bordo sigue la tradición cicládica: almuerzos griegos elaborados con ingredientes obtenidos esa misma mañana en el mercado central de Chora, servidos al estilo familiar en la cubierta mientras se está anclado en calas protegidas. Las tripulaciones constan de capitanes autorizados que crecieron en Naxos y conocen el comportamiento estacional de las corrientes, la ubicación de los arrecifes sumergidos y las estrechas ventanas meteorológicas en las que es seguro acercarse a las bocas de las cuevas que dan al Egeo abierto. El regreso al puerto suele ocurrir entre las cinco y las seis de la tarde, a medida que el meltemi comienza a disminuir y el cielo occidental se tiñe de colores sobre la Portara, la entrada de mármol que ha marcado la entrada al puerto de Naxos desde el siglo VI a.C.
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