Il Porto di Naxos è un punto fermo del commercio marittimo fin dall'Età del Bronzo, quando i marinai cicladici trasportavano ossidiana e smeriglio attraverso l'Egeo su imbarcazioni di legno.
Oggi il porto a ferro di cavallo di Chora accoglie moderne barche a vela e tradizionali caicchi, con partenze pianificate in base ai venti meltemi che soffiano verso sud-est in mare aperto ogni mattina d'estate. La costa che si estende oltre il porto — una catena di trenta chilometri di grotte marine, scogliere vulcaniche e isolotti disabitati — rimane in gran parte inaccessibile via terra, preservando tratti delle Cicladi cambiati ben poco da quando Arianna guardava Teseo salpare verso Creta.
I tour in barca di Naxos partono da un gruppo di ormeggi all'estremità settentrionale del porto, dove gli operatori imbarcano i passeggeri tra le otto e le nove e mezza di ogni mattina. La maggior parte delle partenze segue uno dei due percorsi: verso nord-ovest in direzione delle Piccole Cicladi — Iraklia, Schinoussa, Koufonisia — dove i villaggi di pescatori si aggrappano ai fianchi delle colline sopra ancoraggi che hanno protetto flotte per tremila anni, o verso sud lungo la costa stessa di Naxos fino alla Grotta di Rina, una camera scavata dal mare accessibile solo con la bassa marea quando la risacca ne permette l'ingresso. Entrambi gli itinerari includono soste per il nuoto in baie dove il fondale passa dalla sabbia chiara al blu cobalto nel giro di una lunghezza di barca, e dove la limpidezza dell'acqua permette una visibilità fino a quindici metri nelle giornate calme.
Le imbarcazioni stesse variano da catamarani di dodici metri che trasportano trenta passeggeri ai più piccoli kaiki in legno che ospitano gruppi di otto. Il servizio a bordo segue la tradizione cicladica: pranzi greci preparati con ingredienti reperiti quella mattina al mercato centrale di Chora, serviti in stile familiare sul ponte mentre si è ancorati in calette riparate. Gli equipaggi sono composti da capitani autorizzati cresciuti a Naxos che conoscono il comportamento stagionale delle correnti, la posizione delle scogliere sommerse e le strette finestre meteorologiche in cui è sicuro avvicinarsi alle bocche delle grotte che si affacciano sull'Egeo. Il ritorno al porto avviene solitamente tra le cinque e le sei di sera, mentre il meltemi inizia a placarsi e il cielo occidentale si colora sopra la Portara, il portale di marmo che segna l'ingresso del porto di Naxos fin dal VI secolo a.C.
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